Pasal 58 UU Nomor 1 tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara menegaskan bahwa: “Dalam rangka meningkatkan kinerja, transparansi, dan akuntabilitas pengelolaan keuangan negara, presiden selaku kepala pemerintahan mengatur dan menyelenggarakan sistem pengendalian intern di lingkungan pemerintahan secara menyeluruh” Menindaklanjuti dan melaksanakan ketentuan UU Nomor 1 tahun 2004, terutama pasal terutama pasal 58 tersebut, maka lahirlah Peraturan Pemerintah Nomor 60 tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah.

Menurut PP Nomor 60 Tahun 2008, Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) adalah : "Proses yang integral pada tindakan dan kegiatan yang dilakukan secara terus menerus oleh pimpinan dan seluruh pegawai untuk memberikan keyakinan memadai atas tercapainya tujuan organisasi melalui kegiatan yang efektif dan efisien, keandalan pelaporan keuangan, pengamanan aset negara, dan ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan." SPIP wajib diselenggarakan secara menyeluruh di lingkungan pemerintah pusat dan pemerintah daerah tanpa terkecuali. Dengan pengendalian internal, maka diharapkan penyelenggaraan kegiatan pada instansi pemerintah, mulai dari perencanaan, pelaksanaan, pengawasan, sampai dengan pertanggungjawaban, dapat berjalan secara tertib, terkendali, serta efisien dan efektif.

Komisi Pemilihan Umum (KPU)·telah menyelenggarakan SPIP sejak tahun 2012 dengan dikeluarkannya peraturan Komisi Pemilihan Umum (PKPU) Nomor 17 tahun 2012 tanggal 14 November 2012 tentang Penyelenggaraan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah di Lingkungan Sekretariat Jenderal KPU, Sekretariat KPU Provinsi, dan Sekretariat KPU Kabupaten/Kota. Sebagai tindak lanjut dari PKPU Nomor 17 ini terutama pasal 4 ayat (4), maka pada tahun 2014 dikeluarkan Keputusan Komisi Pemilihan Umum Nomor 443/Kpts/KPU/TAHUN 2014 tentang Pedoman Teknis Penyelenggaraan Penyelenggaraan Sistem Pengendalian intern Pemerintah di Lingkungan Komisi Pemilihan Umum.

KPU dalam penyelenggaraan SPIP berpedoman pada pedoman teknis penyelenggaraan SPIP yang telah ditetapkan oleh Kepala BPKP sebagai lembaga pembina penyelenggaraan SPIP, sementara untuk pengawasan internal terhadap SPIP dilakukan oleh Inspektorat Jenderal KPU. Pengawasan terhadap SPIP yang dilakukan oleh Inspektorat Jenderal KPU dilakukan melalui audit, review, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lainnya.

KPU Kabupaten/Kota sebagai bagian dari KPU RI dalam melaksanakan SPIP juga berpedoman pada Keputusan KPU Nomor 443/Kpts/KPU/TAHUN 2014. Pelaksanaan kegiatan pengendalian dalam SPIP di lingkungan KPU menggunakan Kartu Kendali. Kartu Kendali merupakan media pertanggungjawaban kegiatan dari sekretariat kepada komisioner dan media monitoring pengawasan dan pembinaan dari komisioner ke jajaran sekretariat. KPU Kabupaten/Kota wajib menyampaikan formulir kartu kendali dan dokumen pendukung berupa softcopy kepada KPU Provinsi paling lambat tanggal 10 setiap bulannya. Apabila terlambat atau tidak menyampaikannya sesuai waktu yang ditentukan Sekretaris KPU Provinsi akan memberikan sanksi atau teguran.

Tanggung jawab akhir pelaksanaan SPIP berada dibawah Divisi Hukum dan Pengawasan (Divkumwas), sedangkan tanggung jawab operasional berada di Kepala Sub Bagian Hukum. Maka dari itu setiap Kartu Kendali SPIP ditandatangani oleh Divkumwas dan Sekretaris. Selain kartu kendali, KPU Kabupaten/Kota juga wajib memyampaikan laporan pelaksanaan SPIP per triwulan dan per tahunan kepada KPU melalui KPU Provinsi.